虽然SSRIs主要用于治疗抑郁症，但它们通常用于治疗焦虑及相关条件。它们也被用于治疗冲动相关的疾病，如拔毛症(拔头发障碍)，尽管它们对这类疾病疗效的证据是混合的，而且它们通常不是一线治疗方法。它们也被用于治疗饮食失调，包括厌食症。

常用的SSRI抗抑郁药包括舍曲林(左洛复)、氟西汀(百忧解、萨拉芬)、西酞普兰(西莱西)、帕罗西汀(帕罗西汀、布里斯黛尔、培谢瓦)、艾司西酞普兰(Lexapro)、氟伏沙明(luvoxamine)和维拉唑酮(Viibryd)。除了抑郁症，ssri类药物还经常用于治疗恐慌症，创伤后应激障碍，强迫症,社会焦虑．

相信抑郁是一种化学失衡低血清素水平引起的疾病已经被广泛接受，尽管没有证据证明这一点。神经递质水平的增加归因于SSRIs可能有助于抑郁缓解，但它不被认为是改善的主要来源。原因之一是神经递质会立即发生变化，但药物可能需要六周或更长时间才能缓解症状。研究人员认为，这种时间差是由于新的神经细胞连接的发展——神经可塑性——为心理和行为的灵活性铺平了道路。

抑郁症的单胺理论影响深远。该理论认为，抑郁症是由于大脑中一种或多种神经递质缺乏造成的。它将神经递质与特定组的症状联系起来。例如，依赖血清素的信号影响睡眠、消化、情绪和行为调节;去甲肾上腺素驱动战斗-飞行-冻结反应;和多巴胺与动机运动和享乐的能力。然而，大脑中化学物质的不平衡导致抑郁症的观点已经被反映出对大脑如何工作的更深入理解的新观点所取代。

根据一项六年的荟萃分析根据两项标准:疗效(有效率)和可接受性(以是否因任何原因停止治疗来衡量)来判断，SSRIs在成人抑郁症患者中比安慰剂更有效。在数千项研究中，特定的SSRI的疗效差异显著，从大约三分之一到两倍于a安慰剂，但效果大小一般不大。研究一致表明抗抑郁药与治疗相结合效果最好就像认知行为治疗(CBT)。

大约在治疗开始后的4到6周，对SSRIs有反应的患者注意到他们有更多的精力，更少的焦虑，对未来感到更少的绝望。如果患者在六周后仍未表现出这种改善，他们的医生可能会建议尝试另一种抗抑郁药。

如果正确使用，SSRIs可以帮助缓解抑郁和焦虑，但不会导致巨大的性格变化。如果有人在服用抗抑郁药时感觉情绪平淡或不像自己，这被认为是一种不良的副作用，他们可能需要咨询医生更换药物。当SSRIs正常工作时，患者报告消极反刍的减少和更好的整体功能。患者可能会经历短暂的戒断症状，例如抑郁、焦虑和愤怒应与他们的监督医生进行讨论。

大约70%的服用SSRIs的人会经历某种形式的性功能障碍，包括丧失性高潮．即使SSRIs增加了血清素水平，它们对神经递质也有抑制作用多巴胺，这与坠入爱河时的狂喜有关。病人应该意识到潜在的一些ssri类药物会导致性欲和性行为问题．在某些情况下，这些问题可以通过更换抗抑郁药、降低剂量或接受简短的医生指导来解决药物治疗中断

当综合检查所有药物试验的结果时，SSRIs被证明在大约三分之一的试用者中比安慰剂稍微更有效。此外，在找到一种能缓解症状的药物之前，通常需要对几种不同类型的SSRIs进行试验。

尽管ssri类药物的使用迅速增加，但在年轻人中使用也引发了许多问题。在检查了2004年的一项研究结果后，FDA要求药品制造商在药品上加一个黑盒警告抗抑郁药会增加儿童和青少年的自杀想法和行为．黑盒警告的批评者认为，它使父母和年轻人害怕可能有用的治疗。事实上，对于药物对儿童和成人身体的影响，人们了解的还不够多，无法让它们成为首选治疗方法。一些专家还担心，当正常的悲伤被误认为是抑郁症时，就会开过量的SSRIs。